Melik Muhammed’in 537 (1143) yılında ölümü üzerine Danişmendliler’in Sivas ve Malatya olmak üzere iki ayrı kol hâlinde hâkimiyetlerini sürdürdüklerini görüyoruz. Danişmendiler, 1124 yılında Malatya’yı Selçuklulardan alınca yukarıda da belirttiğimiz gibi Emir Gazi’nin oğlu Aynüddevle (Emir-i Isfehsâlâr Alâeddin ve Imâdu emîri’l-mü’minîn), burada yönetimi ele geçirip Tuğrul Arslan’ın kızıyla evlenmişti. Bu evlilikten doğan Zülkarneyn, babasının 1152 yılında ölümü üzerine annesinin vesayeti altında emir oldu. Fakat Selçuklu sultani Mesud, Malatya’yı muhasara edince, ona karşı koyamayacağını anlayarak bağlılık arz etti. Sultan da şehrin yönetimini ona birikti. Daha sonra annesinin tahakkümüne karşı çıkarak idareye tek başına hâkim oldu. Sultan Mesud ‘un ölümünden sonra da amcası Yagibasan’in vassali olarak hüküm sürdü ve Ekim 1162’de Malatya’da öldü. Hekim İbrahim b. Ebû Said el-Alâî, Takvîmu’l-Edviye adli eserini ona ithaf etmiştir.
Zülkarneyn’den sonra yerine oğlu Nâsireddin Muhammed geçti. İçki ve eğlenceye çok düşkün olan bu hükümdarın bir fahişiyle düşüp kalkması, halkın nefretini mucip oldu. Halkın baskılarına dayanamayan Nâsireddin Muhammed şehri terk etti (1170). Yerine kardeşi Fahreddin Kasım (bazı kaynaklarda Ebu’l-Kasım) geçti. 1171’de Harput Artuklu beyi Fahreddin Kara Arslan’ın kızıyla evlenen Kasım, düğün günü bir gösteri sırasında attan düşerek öldü (Mayıs 1171). Bunun üzerine halk küçük kardeşi Efridun (Feridun)’u tahta çıkardı ve gelini istemediği halde onunla evlendirdiler. Bu sırada Kılıç Arslan, Malatya üzerine yürüyüp şehri muhasara etti, fakat ele geçiremedi ve civardaki halkı esir alıp Kayseri’ye götürdü. Bu olaylar sebebiyle Atabey Nureddin, Mardin ve Harput Artuklu beyleri, Ermeniler ve Danişmendliler’in Sivas Meliki, Kılıç Arslan’a karşı bir ittifak teşkil ettiler. Ancak Kılıç Arslan esir aldığı Malatyalıları iade edeceğini bildirince taraflar arasında savaş olmadan anlaşma sağlandı.
Nâsireddin Muhammed, dört-beş yıl Suriye ve Anadolu’da dolaştıktan sonra II. Kılıç Arslan’a sığındı ve onun tarafından Ereğli valiliğine getirildi. 1175 Şubatında Malatya’ya döndü ve Barsuma manastırındaki papazlar ve şehirdeki dostlarının yardımıyla geceleyin kaleye çıkıp Efridun’u öldürdü ve 15 Şubat 1175 tarihinde şehre hâkim oldu. Nâsireddin, Kılıç Arslan’a tâbi olarak üç yıl hüküm sürdü. Nihayet 25 Ekim 1178’de Malatya’yı zapt eden Kılıç Arslan, Danişmendliler’in bu şubesini de ortadan kaldırdı. Nâsireddin Muhammed Hisn-i Ziyad’a çekildi.
Danişmendliler’in yıkılmasından sonra Yagibasan’in üç oğlu Muzaffereddin Mahmud, Zahireddin Ili ve Bedreddin Yusuf, Selçuklular ‘in hizmetine girerek sinir boylarında Rumlar ‘la savaşmışlar ve I. Giyaseddinn Keyhüsrev’in ikinci defa tahta geçmesi için uğraşmışlardır.
Kayseri Ulu Camii’nin 602 (1205) tarihli kitabesi Muzaffereddin Mahmud’un adına tanzim edilmiştir. Caminin Emir Gazi’nin oğlu Muhammed tarafından yaptırıldığı dikkate alınırsa Muzaffereddin Mahmud tarafından tamir ettirilmiş olması muhtemeldir. Gülek Camii (Kayseri) üzerindeki kitabede de kızı Atsız Elti Hatun’un adi yer almaktadır (Halil Ethem, Kayseri’ye Şehri Kitabeleri, s. 18, 33).
Niksar’da da Yağıbasan ‘a ait bir kitabenin mevcut olduğu bilinmektedir (Uzunçarsili Kitabeler, s. 58).
Anadolu’da kurulan beyliklerin en büyüklerinden biri olan Danişmendiler, Anadolu’nun Türkleşmesi ve İslamlaşması açısından büyük hizmet ifa etmişler ve zaman zaman Anadolu’nun en kuvvetli devleti olan Selçuklular tahakküm altına almışlardır. Haçlılar ve Rumlar ‘la yiğitçe savaşan Danişment Gazi, Emir Gazi ve Melik Muhammed Gazi, Türk milleti tarafından asırlarca saygıyla anılmışlardır. Ancak Yagibasan’dan sonra işbaşına gelen ve birbirleriyle mücadele eden Danişmendi beyleri, Bizans’ın ve Atabeg Nûreddin’in oyuncağı olmuş ve Türkiye Selçuklularına karşı bir koz olarak kullanılmıştır.
Danişmendliler’in yıkılışından sonra bu hanedana bağlı muhtelif boylar, Anadolu’ya dağılmışlar, bazıları da Rumeli’de yerleştirilmişlerdir. Tokat müzesinde bulunan ve Karesi hanedanından Kutlu Melek Hatun’a ait olan bir mezar tasının sahifesinde yer alan ibarede Kutlu Melek’in nesebi Melik Danişment Gazi’ye bağlanmaktadır. (Uzunçarsili, Kitabeler, s. 43-44)
Ayrıca Balıkesir ve civarında Danişment adına ve Danişmendli ulularına bağlı oymakların izlerine rastlanmaktadır. Mesela Balıkesir’in Balya ilçesine bağlı Danişment adli bir Bucak bulunmaktadır. Rivayete göre Danişmendli Beyliği’nin dağılması üzerine Balıkesir civarına gelip yerleşen Kara Danişmendin adına izafeten bir köye Danişment adi verilmiştir. Yine Gönen ve Lapseki yakınlarında Danişment adını taşıyan iki yerleşim merkezi daha vardır. Osmanlı Devleti’nin de 18 Nisan 1691 tarihli bir ferman ile Halep-Adana arasında yasayan Danişmendli ulusuna tabi bir kısım halkı Balıkesir sancağında iskan etmesi de ilgi çekicidir (Günal, Karesi Beyliği (basılmamış doktora tezi), s. 22-23). Bugün bile Anadolu’da Danişment, Danisman, Tanisman ve Yagibasan gibi köy adları vardır. XVII. yüzyılın başlarında Karaman eyaletinde Danişmendli adli bir kaza vardı. Bunların bir kısmi XVII. yüzyıldaki Celâlî isyanlarına katılmış, bu isyan sebebiyle Balıkesir ve Ayaslug’a sürülmüşlerdir. Burada da rahat durmayan Danişmendiler; Afyonkarahisar, Sandıklı ve Keçiborlu’da mecburî iskâna tâbi tutulmuşlar bunu kabul etmeyenler ise Rakka’ya sürülmüşlerdir.
1296-1360 yılları arasında Balıkesir ve Çanakkale yöresinde hüküm sürmüş olan Karasiogullari da muhtemelen Danişment Gâzi’nin ahfâdi tarafından kurulmuştur.
Danişmendliler’den kendi adına para bastıran ilk hükümdar Danişment (Gümüştekin) Gazi’dir. Gümüştekin Gazi’nin ve daha sonraki bazı hükümdarların paralarında Grekçe yazılar vardır ve basıldıkları yerler belirtilmemiştir. Danişmendli paralarında en dikkati çeken husus bir takım sikkelerin tamamen Hristiyan simgeleri ihtiva etmeleridir.
