Gümüştekin Gazi’nin ölümü üzerine Kilci Arslan yıllar önce göz diktiği Malatya’yı ele geçirmek için seferber oldu. 28 Haziran 1105 (veya 1106) tarihinde başlattığı muhasarayı şehri zapt edinceye kadar sürdürdü. Şehrin kuzeydoğusunda kurduğu muhasara âletleri ve mancınıklarla birkaç şiddetli hücumda bulunduktan sonra Danişment Gazi’nin oğlu Yagisiyan (başka bir rivayete göre İsmail b. Danişmendin oğlu Sungur) şehri teslim etmek zorunda kaldı (2 Eylül 1105 veya 1106)
Gümüştekin Gazi’nin ölümünden sonra hanedanın başına büyük oğlu Emir Gazi geçti. Urfalı Mateos, onun bütün kardeşlerini öldürerek tahta geçtiğini yazar.
Selçuklular matbu tanıyan Emir Gazi, Kilci Arslan’ın 1107 yılında ölümü üzerine meydana gelen iktidar boşluğundan ve oğulları arasında başlayan taht kavgalarından yararlanarak hâkimiyet sahalarını genişletmeye teşebbüs etti. Bu mücadele sırasında Kilci Arslan’ın oğlu Arap şah, Gazi’nin oğlu Muhammed’i esir etti. Fakat Emir Gazi, sonunda Arapşah’i mağlup ederek oğlunu kurtardı.
Emir Gazi, Kilci Arslan’ın oğulları arasındaki taht mücadeleleri sırasında damadı Mesud’u destekliyordu. Türkiye Selçuklu sultani Sehinsah Afyonkarahisar yakınlarında Bizans imparatoru Alexios Komnenos ile imzaladığı anlaşmayı müteakip Konya’ya dönerken Danişmendli Emir Gazi ve bazı Selçuklu emirleri tarafından desteklenen Mesud, kardeşinin üzerine büyük bir ordu sevk etti. Sahinsah bundan haberdar olunca imparatora sığınmak için kaçarken Akşehir yakınlarında yakalanarak gözlerine mil çekildi ve Mesud, kayınpederi Emir Gazi sayesinde Selçuklu tahtına çekti (1116).
Emir Gazi 1119 Mayısında yedi bin kişilik bir orduyla Antakya üzerine bir akın düzenledi. Antakya prinkepsi Roger onun üzerine yürüdüyse de perişan oldu ve Türkler Haçlı topraklarını yağmaladılar.
Oğlu Tuğrul Arslan adına Malatya’yı idare etmekte olan Kilci Arslan’ın dul karisi Ayşe Hatun ile evlenmiş olan Belek Gazi, Mengücüklüler’e ait Kemah’i istilâ etti. Ancak Belek’in Haçlılarla mücadele etmesini fırsat bilen Mengücük oğlu Ishak, Kemah’i geri aldı. Belek, Haçlılara karşı düzenlediği seferden döner dönmez, Mengücüklüler’in üzerine yürüdü (1119).
Mengücüklü Ishak, Belek’e mukavemet edemeyeceğini bildiği için Bizans’ın Trabzon dükü Konstantin Gabras’a sığındı ve onunla ittifak yaptı. Bunun üzerine Belek de Danişmendli Emir Gazi ile işbirliği yaptı. İki taraf Erzincan yakınlarında Serman (Siran) denilen yerde karşı karşıya geldi ve Mengücüklü Ishak ile müttefiki Konstantin Gabras’in kuvvetleri büyük ölçüde imha edildi. Binlerce kişi esir alindi. Gabras ile Ishak da esirler arasındaydı. Gabras otuz bin altın (Süryanî Mihail’e göre doksan bin altın) fidye ödeyerek kurtulurken Ishak da Danişmendli Emir Gazi’nin damadı olduğu için serbest bırakıldı. Mengücüklü Ishak, uzun süre Danişmendliler’in nüfuzu altında kaldı. Ayni şekilde Gabras da Bizans’a karşı Danişmendiler ‘e sığınmış ve onların hizmetine girmiştir.
Danişmendli Emir Gazi, damadını tahta çıkardıktan sonra da Anadolu’daki olaylara müdahale etmeye devam etti. Kilci Arslan’ın Malatya’yı ele geçirmesiyle siyasî kudretleri zayıflayan Danişmendiler, Emir Gazi zamanında Anadolu’da üstünlük ve hâkimiyeti ele geçirmeye çalıştılar. Emir Gazi Artuklu Belek’in 1124’te ölümü üzerine Selçuklular ‘in Malatya meliki Tuğrul Arslan ile Harput emiri Süleyman arasındaki ihtilaflardan yararlanarak Malatya’ya hücum etti (13 Haziran 1124). Bir ay devam eden kuşatmadan netice alamayınca, oğlu Muhammed’i orada bırakarak geri döndü. Muhammed şehre yakın bir yerde karargâh kurarak giriş- çıkışları kontrol altına aldı ve kuşatmaya altı ay daha devam etti.
Muhasaranın uzaması şehirde kıtlığa sebep oldu. Halk aç ve perişan bir halde kedi, köpek ve ağaç yaprakları yemeğe başladı. Tuğrul Arslan, Franklardan yârdim istedi. Ancak onlar söz verdikleri halde Halep’i muhasara etmekle meşgul oldukları için gelemediler ve kendi adlarına bu çok önemli firkati değerlendiremediler. Bunun üzerine Tuğrul Arslan ile annesi Ayşe Hatun, Minsar kalesine çekilerek şehri Emir Gazi’ye teslim ettiler (10 Aralık 1124). Halk, bu kıtlıklar sebebiyle perişan bir durumdaydı. Emir Gazi onları teselli ederek çiftçilere tohumluk verdi, koyun ve sığır dasitti.
Şehirde refah seviyesi yeniden yükselmeye başladı. Böylece Kilci Arslan’ın Gümüştekin Gazi’den aldığı Malatya tekrar Danişmendliler’in eline geçti. Emir Gazi’nin Malatya seferine Türkiye Selçuklu sultani Mesud da katılmıştı. Bunu bir ihanet olarak kabul eden kardeşi Melik Arap öfkeyle Sultan Mesud ‘un üzerine yürüdü. Ancak Sultan Mesud kayınpederi Emir Gazi’nin desteğiyle onu mağlup etti (1126). Melik Arap ertesi yıl yeniden onlara karşı sefere çıktıysa da yine bozguna uğradı (1127) ve Kayseri ile Ankara Danişmentlerin eline geçti. Emir Gazi Malatya’yı zapt ettikten sonra, Artuklu hâkimiyetindeki Harput üzerine yürüdü. Ancak Davud b. Sökmen’in daha erken davranarak Harput’a hâkim olduğunu görünce Hanzit yöresini yağmalayıp Davud üzerine yürüdü.
Bu mücadele sonunda kârlı çıkan taraf hiç şüphesiz Danişmendiler oldu. Sultan Mesud kayınpederi sayesinde tahtını korumayı başarırken, Malatya’dan Sakarya’ya kadar uzanan Selçuklu toprakları Danişmendliler’in eline geçti. Anadolu’nun en güçlü devleti hâline gelen Danişmendiler, 1129 yılında Ankara, Çankırı, Kastamonu ve Karadeniz sahillerini kontrol altına aldılar.
Ermeni prensi Thoros, 1129 yılında ölünce, Emir Gazi Çukurova (Kilikya)’ya müdahale etti. Ertesi yıl Antakya prinkepsi II. Bohemund Ermeni Leon’un topraklarına girip Anavarza’yı (Aynüzarba bugünkü Dilekkaya Kalesi) işgal edince I. Leon, Emir Gazi’ye haber gönderip yârdim istedi. Emir Gazi, bu daveti kabul ederek Çukurova’ya hareket etti. Bohemund da bu gelişmelerden habersiz olarak Çukurova topraklarına girince pusuya düşürülerek ordusuyla birlikte imha edildi, Haçlılardan kurtulan olmadı. Bohemund’un başı kesilerek mumyalandıktan sonra pek çok değerli ganimet ve hediyelerle birlikte Abbasî halifesine (başka bir rivayete göre büyük Selçuklu sultanına) gönderildi (21 Ağustos 1130). Garip bir tesadüf eseri olsa gerek Gümüştekin Gazi, I. Bohemund’u, oğlu Emir Gazi de onun oğlu II. Bohemund’u esir almıştır.
Emir Gazi, daha sonra 1131’de tekrar Çukurova seferine çekti. Ermeni Leon yıllık haraç vermeyi kabul etti. Emir Gazi’nin dönüşte Sümeysat’in kuzey doğusundaki Gouris kalesini kuşattığı haber alindi. Bunun üzerine Kont Joscelin kendisi ağır yaralı olduğu için ayni adi taşıyan oğlunun kumandasındaki bir orduyu Danişmendiler üzerine sevk etmek istedi. Ancak oğlu Türk birliklerinin çok güçlü olduğunu söyleyerek bu görevi kabul etmeyince adamlarını çağırıp kendisi için bir sedye yaptırdı ve bu vaziyette ordunun başında sefere çekti. Fakat yolda öldü. Emir Gazi Joscelin’in ölümünü haber alınca büyük bir alicenaplık göstererek savaşı durdurmuş ve Franklara bas sağlığı dilemiştir. Onun Çukurova’da bulunmasından istifade eden Bizans imparatoru Ioannnes Komnenos, Kastamonu’yu istilâ etti. Fakat Emir Gazi, 1132’de bu yöreyi tekrar geri aldı. Tahtı ele geçirmek için imparatora isyan eden kardeşi Isaak Komnenos da Emir Gazi’ye sığındı. Emir Gazi onu gayet iyi karşıladı ve Trabzon dükü Konstantin Gabras’in yanına gönderdi. Haçlılara, Ermeni ve Rumlara karşı kazandığı zaferler, onun Anadolu hükümdarları arasında mümtaz bir mevki elde etmesine sebep oldu.
Abbasî halifesi Müstersid ile Büyük Selçuklu sultani Sencer, Emir Gazi’ye Melik unvanının tevcih edildiğini gösteren bir mensurla birlikte bir kös, bir gerdanlık ve bir altın aşa dört siyah sancak göndererek bölgedeki hakimiyetini tasdik ettiler. Ancak elçi bu mensur ve hediyeleri getirdiğinde, Emir Gazi ölüm döşeğindeydi ve birkaç gün sonra 528 (1134) tarihinde öldü.
Emir Gazi Danişmendliler’in en güçlü hükümdarlarından biriydi. Cesur, zeki ve faziletli bir hükümdardı. Ülkenin her tarafında huzur ve asayişi sağlamış, Selçuklu topraklarının bir bölümünü de kendi hâkimiyeti altına alarak Anadolu’nun en nüfuzlu hükümdarı olmuştu.
