Melik Muhammed’in; Zünnun, Yunus ve İbrahim adlarında üç oğlu vardı. Bunlardan Zünnunn’u veliaht tayin etmişti, fakat Sivas meliki olan kardeşi Nizameddin Yagibasan (Bazı kaynaklarda Yakup Arslan, Yagi Arslan) kardeşi Melik Muhammed’in karısıyla evlenerek Kayseri’de yönetime hâkim oldu (549/1154). Zünnun, Zamanti’ya kaçmak zorunda kaldı. Fakat bir müddet sonra yeniden Kayseri’ye hâkim olmayı basardı.
Daha önce Artuklular’a ve Haçlılara sığınmış olan Aynüddevle, Melik Muhammed’in ölümünden sonra Elbistan ve Malatya’ya hâkim oldu. Zünnun Kayseri’ye, Yagibasan da Sivas’a hâkim olmuştu. Böylece Danişmendiler üç kola ayrılmış bulunuyorlardı.
Bu durum, Türkiye Selçuklu sultani Mesud ‘un hâkimiyet sahasını genişletmesine yaradı. Melik Muhammed’in ölümü üzerine hanedan mensupları arasında başlayan taht kavgalarına müdahale eden Sultan Mesud ‘un Zünnun’u desteklemesi üzerine Melik Muhammed’in kardeşleri Malatya meliki Aynüddevle ile Sivas meliki Yagibasan ona karşı ittifak yaptılar. Aynüddevle, Yagibasan’in desteğiyle Elbistan ve Ceyhan yöresini istilâ edince, Sultan Mesud derhal Sivas’a yürüyüp şehri ele geçirdi ve oğlu Sahinsah’i Ankara, Çankırı ve Kastamonu valiliğine getirdi. Daha sonra Malatya’ya hareket etti. Şehri üç ay kuşatmasına rağmen hiçbir netice elde edemeden geri döndü (1143).
Bizans imparatoru Ioannes’in 1143’te ölümü üzerine rahatlayan Sultan Mesud, yeniden Danişmendli topraklarına hücuma başladı. 1144’te Aynüddevle’nin hâkimiyeti altındaki Elbistan ve Ceyhan’ı zapt ederek oğlu Kilci Arslan’ı bu yöreye melik tayin etti. Daha sonra tekrar Malatya’yı muhasara etti, fakat Bizans’ın yeni imparatoru Manuel Komnnenos’un Anadolu’da ilerlemekte olduğunu duyunca kuşatmayı kadirdi (1144). Sultan Mesud ‘un genişleme siyaseti Yagibasan ile Aynüddevle’yi endişelendirdi ve Bizans imparatorundan yârdim istemeye mecbur etti. Bunun üzerine Manuel, Konya’yı kuşattıysa da netice alamadan ayrıldı (541/1146).
Artuklu Kara Arslan ile beraber Haçlı topraklarına saldıran Aynüddevle, 1151 yılında Gerger, Kâhta, Adıyaman ve Palu’yu ele geçirerek çok sayıda esir aldı. Sultan Mesud ‘un damadı ve Sivas-Amasya meliki Yagibasan ise ayni yıl Karadeniz bölgelerinde fetihlerde bulunarak Ünye, Samsun ve Bafra’yı zapt etti. Yeğeni Zünnûn b. Melik Muhammed ise Kayseri’ye hakim oldu.
Aynüddevle, 1152 yılında ölünce yerine oğlu Zülkarneyn geçti. Yagibasan taziyede bulunduktan sonra onu Sultan Mesud’a karşı birlikte hareket etmeye çağırdı. Bu gelişmelerden haberdar olan Sultan Mesud, Yagibasan’i tehdit etti. O da yeğenini desteklemeyeceğine dair kesin söz verdi. Sultan Mesud Yagibasan’i kendisine tâbi kıldıktan sonra üçüncü defa Malatya üzerine yürüdü ve şehrin surlarını tahrip etti. Zülkarneyn ise annesiyle birlikte sultanin huzuruna çıkıp af diledi. Sultan da kendine tâbi olmak şartıyla Malatya’da hâkimiyetini devam ettirmesine müsaade etti.
Sultan Mesud ‘un ölümü üzerine yerine oğlu II. Kilci Arslan geçti (1155). Danişmendli hanedanına mensup iki damadından Yagibasan’a Ankara, Amasya ve Kapadokya, Zünnûn’a ise Kayseri ve Sivas şehirleri verildi. Fakat kardeşleri tahtta hak iddia ederek ayaklandılar. Bunu fırsat bilen Sivas Danişmendli hükümdarı Yagibasan, Sahinsah ile yeğenleri Zünnûn ve İbrahim ile Malatya emiri Zülkarneyn’in desteğini sağlayarak büyük bir orduyla Kayseri’ye hareket etti. Kilci Arslan da onun üzerine yürüdü. İki taraf tam savaşa girmek üzereyken âlimler araya girip Müslüman kani dökülmesine engel oldular ve her iki taraf da ülkelerine döndüler. Fakat Yagibasan, bir müddet sonra Zengiler’den Nureddin Mahmud’un teşvikiyle Elbistan’a girince, Kilci Arslan süratle harekete geçti. Yagibasan, yetmişin kişiyi Ceyhan dışındaki bölgelere sürerek Kilci Arslan’ın karşısına çekti. Yine din adamları araya girip savaşa engel oldular ve iki taraf arasında bir antlaşma imzalandı (Saban 550/Ekim 1155).
Bizans imparatoru Manuel, Anadolu’nun genç hükümdarı II. Kilci Arslan’a ağır bir darbe indirmek maksadıyla yeni bir ittifak tesis etti. 1157’de Bafra ve Ünye’yi topraklarına katmış olan Yagibasan, buraları Bizans’a iade edip ittifaka girdi. Sultan Mesud ‘un damadı Danişmendli Zünnun ve Zülkarneyn’in de yer aldığı bu ittifak karşısında Kilci Arslan Bitinia emiri Süleyman’ı imparatora göndererek anlaşma teklif etti. Fakat ret cevabi alınca Yagibasan’i ittifaktan ayırmak için Elbistan’ı kendisine bırakmayı vaat etti (1160). Fakat bundan da bir netice alamadı.
Malatya meliki Zülkarneyn, 555 (1160) yılında öldü. Yerine oğlu Muhammed geçti ve Kilci Arslan’a tâbi olarak Malatya’yı idare etti.
Erzurum Saltuklu hükümdarı Izzeddin Saltuk’un kızı Kilci Arslan ile nikâhları kıyıldıktan sonra zengin çeyizleriyle birlikte Erzurum’dan Konya’ya gönderilmişti. Bunu haber alan Yagibasan, Kilci Arslan’a düşmanlığı sebebiyle gelin alayına sildirdi ve gelini yeğeni ve Kayseri meliki olan Zünnun ile evlendirmek üzere götürdü. Gelin Kilci Arslan’a nikâhlı olduğu için İslam dinine göre başkasıyla evlenmesi caiz olmadığından İslamiyet’ten irtidad ettirdiler. Kız daha sonra tekrar Müslüman oldu ve Zünnun ile evlendirildi. Bu ağır tecavüz karşısında çok öfkelenen Kilci Arslan, Yagibasan üzerine yürüdüyse de Bizans kuvvetleri tarafından desteklenen Danişmendli ordusu karşısında mağlup oldu (1162). Bu olayın 1164 veya 1165 yıllarında meydana geldiğine dair rivayetler de vardır. Kilci Arslan, Yagibasan karşısında mağlup olunca, Bizans’tan yârdim istemek için İstanbul’a gitti ve dönüsünde Yagibasan’dan intikam almak için harekete geçti. Artuklular’dan Kara Arslan, Necmeddin Alpi, Erzen ve Bitlis emiri Fahreddin Devletsah da onunla birlikte Sivas üzerine yürüdüler ve şehri zapt ettiler (1163). Yagibasan yârdim sağlamak için damadı Çankırı Selçuklu meliki Sahinsah’in yanına gitti ve 4 Ağustos 1164 tarihinde orada öldü. Yagibasan Danişmendliler’in nüfuzlu hükümdarlarından biriydi. Cesur ve ileri görüşlü, siyasî kabiliyeti haiz hayırsever ve azimli bir insandı. Niksar’da yaptırdığı medresenin hazîresinde metfundur. Yagibasan’in yaptırdığı medrese veya mescide ait bir kitabe bugün mevcuttur.
Niksar’da bulunan, 552 (1157-1158) tarihli bir kitabede Yagibasan’in künye ve lakapları söyle sıralanmaktadır: el-Melikü’l-Âlim, el-Âdil, Nizâmüddünya ve’d-Dîn Ebu’l-Muzaffer Yagibasan b. Melik Gazi b. Melik Danişment Zahîru Emîri’l-Mü’minîn. Adina basılan bir sikkede ise: el-Melikü’l-Âdil Nizameddin Yagibasan b. Melik Gazi b. Melik Danişment Zahîru Emîri’l-Müminin ibareleri vardır. O, bir takım imar faaliyetlerinde de bulunmuş, Sivas ve Niksar’da cami, türbe ve imarethaneler yaptırmıştı. Cemâleddin Gazi, Muzaffereddin Mahmud, Zahreddin Ili, Bedreddin Yusuf adli çocukları vardı, fakat yerine yeğeni İbrahim’in oğlu İsmail geçti ve Cemaleddin Gazi’den başka bütün çocukları Selçuklular ‘in hizmetine girdiler.
Yagibasan’in ölümü üzerine karisi, Zünnnun’unn on altı yaşındaki yeğeni İsmail b. İbrahim ile evlenerek onu hükümdar ilân etti (559/1164). Bazı kaynaklara göre Yagibasan’in yerine Cemâleddin Gazi adli oğlu geçti. Çok kısa bir müddet tahtta kaldığı için de tarihçiler ondan bahsetmez. Onu İbrahim b. Muhammed ile oğlu İsmail takip etmiş İbrahim de 564 (1169) yılında vefat etmiştir. Bunun üzerine hanedan mensupları arasında mücadele başladı. Bu sırada Elbistan emiri Mahmud b. Mehdî bağımsızlığını ilân etti. Ayrıca Kayseri meliki Zünnun ile Yagibasan’in yeğeni İbrahim b. Muhammed de ayni maksatla harekete geçtiler. II. Kilci Arslan, bu fırsattan istifade ederek Danişmendli topraklarını ele geçirmek için seferber oldu ve Elbistan üzerine yürüyerek Danişmendli topraklarını zapt etmeye başladı (1165). Elbistan’ı, Tohma vadisini, Darende ve Gedük yöresini ilhak etti. 1168’de Zünnun üzerine yürüdü ve 1169’da diğer bir rivayete göre 1171 veya 1173’te Kayseri ve Zamanti’da Danişmendli hâkimiyetine son verdi. Zünnun, Kilci Arslan’ın kardeşi Sahinsah ve Malatya meliki Efridun Atabeg Nureddin Mahmud’a sığındılar.
Kilci Arslan’ın giderek kuvvetlenmesinden rahatsız olan Nureddin, Danişmendli Zünnun’u, Sahinsah’i ve Artuklular’i himaye ederek ona karşı bir ittifak tesis etti. Bir orduyla Sivas’ta bulunan Melik Ismail’e de haber gönderip, Kilci Arslan’dan Zünnun’a ülkesini iade etmesini istedi. Kilci Arslan, Nureddin’in elçilerini bir müddet oyaladıktan sonra teklifini reddetti. Bunun üzerine müttefik kuvvetler, Sivas’tan Kayseri istikametinde yola çıkarken Atabeg Nureddin Mahmud da Maraş, Göksun ve Behisni’yi işgal ettikten sonra Sivas’a yöneldi (1172). O yıl Sivas’ta müthiş bir kış hüküm sürmüş ve kitlik bas göstermişti. İsmail ise ambarlarında buğday stoku bulunduğu halde halka dağıtmamış ve bu yüzden birçok kişi açlıktan ölmüştü. Sonunda halk dayanamayıp isyan etti, İsmail, karisi ve beş yüz adamı öldürüldü, ambarları yağmalandı (İsmail’in kabri Niksar’dadir). Bunun üzerine şehrin ileri gelenleri toplanıp Nureddin’e sığınmış olan damadı Zünnun’u Sivas’a davet etmeye karar verdiler.
Zünnun Nureddin’in yardımıyla meşakkatli bir yolculuktan sonra Sivas’a varıp Danişmendli tahtına çekti (567/1172) Fakat kısa bir müddet sonra Sultan Kilci Arslan onun üzerine yürüyünce Zünnun Niksar’a kaçtı ve Nureddin Mahmud’dan yârdim istedi. Bunun üzerine Nureddin’in topraklarını istilâ ettiğini öğrenen II. Kilci Arslan onun üzerine yürüdü. Fakat ağır kış şartları ve Haçlı saldırıları iki Türk hükümdarını barışmaya itti. Yapılan anlaşmaya göre Nureddin işgal ettiği yerleri geri verecek, Kilci Arslan da Zünnun’un Sivas’ta hüküm sürmesine rıza gösterecekti. Ayrıca Nureddin’in emirlerinden Fahreddin Abdülmesih de emrindeki üç bin kişilik kuvvetle Sivas’ta kalıp Zünnun’u himaye edecekti. Muhtemelen Ankara da Sehinsah’a verilecekti.
Nureddin’in 1174 yılında ölümü üzerine Sivas’ta bırakılan garnizon Suriye’ye dönünce, Sultan anlaşma şartlarını hiçe sayarak Sivas, Niksar, Komana, Tokat ve diğer Danişmendli topraklarını istilâ etmek maksadıyla harekete geçti. 1175 yazında söz konusu şehirlerin zapt edilmesi üzerine Zünnun ile Sahinsah, Bizans’a sığınmak zorunda kaldılar ve Danişmendliler’in Sivas kolu da böylece ortadan kalkmış oldu.
Bizans imparatoru Manuel, Danişmendliler’e kaybettikleri toprakları iade etmek istiyordu. Bu maksatla Manuel, Gavras adli bir komutanını otuz bin kişilik bir orduyla Amasya ve Niksar’a sevk etti. Fakat bir sonuç alamadı.
Rivayete göre Zünnun, 570 (1175) yılında Kılıç Arslan’ın emriyle Bizans hapishanelerinde zehirlenerek öldürülmüştür. Aksaray’ken göre ise Kılıç Arslan’ın Sivas’ı istilâ etmesi üzerine öfkeyle Niksar’a gitmiş ve orada ölmüştür.
